L’orde dels franciscans s’instal·là a la vila de Vilafranca de Conflent gràcies a una butlla del papa Nicolau III, atorgada l’any 1279. El convent primitiu dels franciscans era situat al barri extramurs que voreja la riba esquerra de la Tet, a l’indret que ocupen avui les escoles de la vila. La seva construcció s’inicià a partir dels anys 1279-80, gràcies a les contribucions dels habitants de Vilafranca, però sobretot, a la munificència de les cases nobles dels Pinós de Mataplana, els Perellós, els Perapertusa, els Oms i els Llar; és molt possible que per aquesta causa esdevingués ben aviat el lloc escollit per la noblesa per a fer-s’hi sepultar.
Segons algunes informacions, l’església conventual, d’estil gòtic, era d’una sola nau, dividida per sis arcs torals de marbre i tenia cinc capelles laterals a cada banda; era coberta amb voltes de creueria. Tenia dues portes, una a migdia i l’altra a ponent, ambdues decorades amb estàtues. Les galeries del claustre mesuraven 24 × 4 m, el refectori 16 × 8 m, i el dormitori tenia una llargària de 40 m i comunicava per una escala amb l’església i el campanar. El cor, a ponent de la nau, era compost per 24 càtedres i era il·luminat per dos grans finestrals.
Aquest primitiu estatge conventual fou enderrocat per ordre de Vauban per motius estratègics el 1674. Part dels materials de demolició foren reutilitzats en les noves fortificacions de la vila.
Després de l’enderroc, els frares franciscans es traslladaren a l’interior de la vila, on feren construir un nou convent a partir del 1680; d’aquest convent, resten encara les ruïnes.
L’any 1900, la construcció de la via del ferrocarril de Vilafranca de Conflent revelà alguns basaments de parets de l’antic monestir i l’any següent, l’arqueòleg L. de Noell inicià uns sondatges, els resultats dels quals foren publicats en la Revue d’Histoire et d’Archeólogie du Roussillon, IV, 1903, pàgs. 97-114. Segons Noell, l’església era més petita del que s’havia cregut de bon principi i tan sols tenia capelles laterals al mur sud, tocant el claustre, les galeries del qual feien 23, 30 × 3, 25 m; aquestes galeries tenien arcosolis decorats amb els escuts de la noblesa local. Tanmateix, la superficialitat d’aquestes prospeccions faria necessària una excavació més completa.