Aquesta església, avui desapareguda, fou una de les primeres cel·les fundades pels monjos de Sant Andreu d’Eixalada. Se’n té notícia des de l’any 871, en què és confirmada a Eixalada per un precepte del rei Carles el Calb. En desaparèixer Eixalada, restà vinculada a Sant Miquel de Cuixà. La cel·la de Sant Tomàs i el seu alou van ser confirmats a Cuixà en les butlles dels papes Agapit II (950), Joan XIII (968) i Sergi IV (1011).
Aquesta església es devia trobar al veïnat de Sant Tomàs de Balaguer, situat sota Prats de Balaguer, prop de la confluència de la Riberola amb la Tet. No gaire lluny hi ha les fonts i el balneari dels Banys de Sant Tomàs. Un paratge és conegut encara amb el nom del “camp de l’Església”, però no sembla que s’hi hagin conservat rastres de l’església alt-medieval.