Joan (1089-1115)
Procedia del monestir de Santa Maria de Vilabertran. Segons els documents de l’època era una persona humil, pietosa i rica. El seu nomenament fou signat pel bisbe i els canonges de Girona, després d’haver estat aprovades les constitucions per les quals s’havia de regir la comunitat. Durant el seu govern fou arranjada l’església de Santa Maria, la veïna capella de Sant Feliu i, probablement, les dependències canonicals; el priorat va rebre nombroses donacions, entre elles les esglésies de Santa Maria del Vilar, Santa Maria d’Ermedàs, Sant Cristòfol de l’Escala i Sant Feliu de Lledó. Aquestes donacions constituïren la base del prestigi creixent i el poder que arribà a tenir el priorat. En morir, els seus monjos dedicaren a aquest prior la següent necrologia: Ossa iacent hic: cuius devocio vitae: hanc fundare domum promeruit domino. Diviciis ditavit eam, rebusque beavit fratres instituit el frater ipse fuit, se templum fecit chrísti, templumque Marie. Filius et mater huncsuper astra locent, in regno patris, in vivorum regione [et] quarto nonas transiit hinc februi. (Aquí reposen els ossos d’aquell que amb la seva pietat impulsà pels camins del senyor la fundació d’aquesta casa. L’Enriquí i la magnificà fent santes les seves coses, hi instituí germans i ell mateix fou germà i es féu temple de crist i de Maria. Que el fill i la mare el col·loquin damunt els astres al regne del pare en la regió dels vivents. Traspassà d’ací el dia 2 de febrer).
Grau (1119-1136)
Són ben poques les notícies que tenim d’aquest prior, el qual sabem que el 25 de març de 1119 ja s’havia fet càrrec de la comunitat. El 6 de febrer de 1124 el papa Calixt II, per mitjà d’una butlla signada al Laterà, aprovà l’orde canonical establert a Lledó sota la regla de sant Agustí i confirmà tots els béns que tenia el priorat (les esglésies de Santa Maria d’Ermedàs, Santa Maria de Vilajoan, Sant Cristòfol de l’Estela, Sant Julià d’Oliveda, Sant Miquel de Font freda, la parroquial de Sant Feliu de Lledó, cedida pel bisbe a Girona l’any 1109, les cel·les de Sant Tomàs de Riudeperes, a Osona, del bisbat de Vic, i de Santa Maria del Vilar, al Rosselló, del bisbat d’Elna i algunes propietats del poble de Borrassà) i els que pogués adquirir en el futur.
Arnau de Coll (1136-1196)
Procedia de la família de Coll-Alier, d’Olot. El fet que la seva prelatura durés seixanta anys fa pensar que devia ésser molt jove quan fou elegit prior de la comunitat. L’any 1168 Arnau de Montbosó, monjo de la comunitat de Lledó, assistí a la fundació de la comunitat de canonges augustinians de Sant Martí Sacosta, de Girona. L’any 1170 donà en emfiteusi, amb reserva de domini directe, als esposos Guillem Ricart i Ermessenda, les cases que havia construït a la vila de Lledó, amb l’hort i la tancaque hi havia al peu d’aquestes cases. L’any 1186 Ponç Guitart féu testament pel qual deixava diversos béns al priorat de Lledó. Durant el seuabadiat el monestir adquirí noves possessions amb les esglésies de Santa Coloma d’Alamans i Sant Joan d’Albera, agregades a Santa Maria del Vilar, i de Sant Sixt de Miralplà, a Osona, agregada a Sant Tomàs de Riudeperes. Sembla que durant la prelatura d’aquest prior foren construïdes la basílica de Santa Maria i el conjunt de dependències monàstiques que han perdurat. Moríel dia 2 de maig de 1196.
Arnau de l’Hospital (1196-1214)
Aquest prior jurà el càrrec el 4 de maig de l’any 1196, és a dir, dos dies després de la mort del seu predecessor. Durant la seva prelatura el priorat obtingué l’afranquiment dels delmes i primícies de l’església de Sant Feliu. Després aquesta església parroquial passà al monestir. L’any 1204 Dalmau de Creixell i la seva mare Berenguera donaren al prior Arnau, per 800 sous barcelonins, la senyoria del lloc, amb la qual cosa el monestir passà a tenir la jurisdicció feudal que aquells tenien sobre la vila de Lledó i els llocs de Sant Martí, Sesserres, Queixàs, Carbonils i Cistella, juntament amb els honors i les atribucions que hi anaven adjuntes. En compensació el prior establí una capellania al monestir, la qual cada setmana havia de celebrar tres misses en favor dels seus benefactors. El 9 de febrer de 1203 era fundat a l’església del monestir el benefici de la Santíssima Trinitat, que fou dotat amb mil sous barcelonins. El beneficiari d’aquesta fundació era anomenat porcioner, per tal com tenia dret a les porcions, a la manera dels canonges, i també a casa pròpia dintre el clos monacal. Morí el 26 de novembre de 1214.
Guillem de Llers (1215-1239)
El càrrec de prior estigué vacant mig any, ja que fins el 14 de juny de 1215 no fou cobert el lloc pel nou prior. El 30 de març de 1219 Dalmau de Creixell nomenà el prior Guillem de Llers capellà de la castlania, li conferí el servei de la seva capella i l’alliberà de tota dependència envers els batlles i altres funcionaris del castell. Amb motiu d’un plet interposat per Ermessenda de Sant Llorenç de la Muga davant el bisbe de Girona perquè el prior posseïa drets preferents sobre la dècima que l’església de Lledó, a títol de senyoria, cobrava de Fontfreda, el 5 de juliol de 1230 el bisbe donà la raó a la canonja, reconeixent-li els drets senyorials que havien motivat l’esmentat litigi. Morí el dia 24 de desembre de 1239.
Ramon Seguí (1239-1267)
Essent encara molt jovenet, el dia 4 de desembre de 1196 la família Seguí, que era veïna de Lledó, féu donació al priorat d’aquesta vila de diverses peces de terra i deixava com a donat el seu fill Ramon. L’any 1235 Ramon era nomenat sagristà de la comunitat i el 1239 fou elegit prior. L’any 1245 el bisbe de Girona, Guillem de Cabanelles, donà al priorat, en canvi de mil sous que Raimunda de Cabanyelles oferí en ocasió d’un aniversari per al bé d’ella i dels seus pares, tot el vi que el bisbe recol·l.ia a la vila de Bàscara. El 13 de juliol de 1235 Ramon Seguí, juntament amb el prior de Santa Maria de l’Om i l’abat de Santa Maria de Vilabertran, fou escol·l.it per la Santa Seu per tal de discernir i emetre sentència sobre el contenciós promogut pels capellans de Sant Esteve d’Olot i Sant Miquel de la Cot, els quals no es conformaven a tenir aquestes esglésies per la jurisdicció abacial de Sant Pere de Besalú; en aquest plet guanyà l’abat d’aquest darrer monestir. Una làpida deixa constància del dia de la seva mort: Jacet hic Raimundus Seguini hujus ecclesiae prior sextus qui obiit nonis januarii anno Christi M. CC. Lx. septimo. (Aquí reposa Ramon Seguí, el sisè prior d’aquesta església, el qual morí el dia de les nones de gener de l’any de Crist mil dos-cents seixanta-set).
Berenguer de Romanyà (1267-1272)
Era prepòsit de Sant Martí de Riudeperes quan fou elegit prior de Lledó. Com que el priorat disposava de molt pocs mitjans per a fer front a les despeses que calia fer per atendre les diverses cases que depenien de Lledó, el 15 d’abril de 1270 el bisbe de Girona, Pere de Castellnou, amb l’aprovació del seu capítol, uní perpètuament la capellania de l’Estela i l’església canonical de Santa Maria, amb tots els drets que poguessin correspondre a aquesta parròquia. Morí el 7 de juny de l’any 1272.
Berenguer de Pontós (1272-1305)
Pertanyia a la família dels nobles feudataris del castell de Pontós. Dotà la infermeria del monestir amb 1800 sous per tal de fer cara a les necessitats que tenien els germans de la congregació que caiguessin malalts. Creà un benefici a la capella de casa seva, dedicada a santa Maria; el sacerdot beneficiat tenia l’obligació de celebrar-hi misses, a fi que els membres de la seva família les poguessin oir amb més comoditat. Conferí el patronat d’aquest benefici als seus successors en el càrrec de priors, els quals, en virtut d’aquesta fundació, esdevingueren capellans de la casa de Pontós, tal com ho eren de la de Creixell des de l’any 1219. Aquest prior es veié involucrat en la guerra de Felip l’Ardit contra Pere II, a la qual el papa donà el caràcter de croada. La condició de castlania reial que tenia la fortalesa de Pontós féu molt difícíl la situació del prior, el qual es trobavaentre dos focs: els interessos del rei i la voluntat del papa. Dels feudataris de Romanyà, Pontós, Creixell i Borrassà, només foren trenta els homes que s’allistaren a favor de Pere II, i els senyorsde Pau, Pontós i d’altres indrets es posaren al cantó dels francesos, els uns a causa del despit que tenien contra el rei i els altres per no fer un tort al papa, que s’havia posat al costat del rei francès. El rei Pere, que pensava organitzar la resistència des del castell de Pontós, en veure la manca de resposta de la gent de l’indret decidí reunir-se amb l’exèrcit addicte que procedia de Banyoles. Pocs dies després el castell de Pontós era lliurat als francesos. El rei Pere, però, que no presentà batalla de front contra Felip l’Ardit, que tenia un exèrcit molt superior, confiant en la destresa del seu almirall Roger de Llúria esperà per atacar el moment de la retirada dels francesospel Coll de Panissars, on l’èxit de Pere II fou total. Acabada la batalla, enutjat el rei pel buit que li havien fet tant el bisbe com els monestirs de la contrada, al retorn de Panissars, a Bàscara, determinà que, si no volien ésser condemnats apresó, abans de vuit dies havien d’abandonar els territoris del seu domini, i ordenà als seus funcionaris que s’apoderessin dels béns dels monestirs de Banyoles, Vilabertran i Lledó, nomenant segrestador d’aquests dos darrers monestirs un cert Figuier de Figueres i cridant Ermengol Constantí per tal que prengués sota la seva jurisdicció els castells de Bàscara, Pontós, Borrassà i Creixell, el primer dels quals pertanyia a la senyoria de la mitra i els altres al priorat de Lledó. La mort d’aquest prior ve donada en el necrologi del monestir: XIII Kal. oct. anno D’MCCCV ob. Berengarius de Pontonibus prior viii huius ecclesiae. Jacet in tumba de pontonibus ante januamecclesiae. (el dia tretze de les calendes d’octubre de l’any del Senyor 1305 morí Berenguer de Pontós, vuitè prior d’aquesta església. Reposa a la tomba dels Pontós davant la porta de l’església).