Inicialment el monestir de Sant Joan fou fundat en un lloc descampat on hi devia haver com a màxim algun camp de conreu i potser alguna família per aprofitar la fèrtil terrassa que hi havia al pla on s’havia d’aixecar la vila. La fundació de la població de Sant Joan o, almenys, l’establiment d’algunes famílies amb habitació constant, sembla que començà ja avançat el segle X, o, més probablement, el segle següent. El famós reconeixement de dependència del monestir que l’any 913 varen fer 475 caps de casa que vivien en 21 vil·les rurals o nuclis de masos escampats pel terme no testifica cap agrupament especial que permeti pensar en un nucli de poblament vora el monestir. La manca de notícies concretes sobre el moment en el qual fou erigida la primera església de Sant Joan i Pau, creada per tal d’esdevenir parròquia dels homes que residien vora el monestir i de les pagesies que en depenien, impedeix d’aventurar-se a fer cap precisió. Hom sap, però, que l’any 1138 fou constituït el primer pont de pedra sobre el riu Ter, subsistent encara a la base del “Pont Vell”, reconstruït fa pocs anys. Fou precisament a l’entrada d’aquest pont, que facilitava el pas del camí ral de Camprodon a Ripoll, on es formà el nucli inicial de la vila de Sant Joan, la “villa veteri”, com li diuen els documents del començament del segle XIII, quan hom decidí crear una villa nova. Aquesta vila vella es desenvolupava, igual com les clàssiques sagreres, entorn de l’església dels sants Joan i Pol, existent l’any 1142, al costat del vell camí ral. Al començament del segle XIII, l’any 1206, l’abat Pere de Soler confirmà a 23 famílies el solar que els havia establert el canonge sagristà del monestir al lloc anomenat el Vinyal. Com que es tractava d’establiments recents, cal suposar que aquestes 23 famílies, que l’any 1243 eren ja 37, són les que iniciaren la vila nova o sector de carrers ben alineats, amb una plaça central, situat entre el monestir i la vila vella i delimitat pels altres dos costats pel riu Ter i la riera d’Arçamala. És aquest el sector que l’abat Ramon de la Bisbal envoltà de murs i de valls i el 5 de setembre de 1 243 concedí als seus habitants el dret d’intervenir en l’elecció del seu batlle, la llibertat per a edificar hostals públics i l’exempció de mals usos i altres prestacions dominicals. Dissortadament només coneixem aquest document per uns extractes de l’arxiu de Sant Joan. Es conserven encara algunes traces dels antics murs al sector nord-occidental de la vila i és, sobretot, remarcable el traçat urbanístic d’aquest sector, que el converteix en un admirable model d’urbanització medieval, tot i que els edificis hagin estat majoritàriament renovats. El document de l’any 1 206 ha conservat el nom de les 23 famílies que reberen del canonge sagristà l’establiment de patis o solars. Per ell hom pot constatar com la majoria procedien de masies del veïnatge i alguns d’indrets més apartats, com Ridaura. L’augment de la vila es paralitzà amb el despoblament de la segona part del segle XIV, puix que ja l’any 1375 eren 58 en total els focs de la vila de Sant Joan inclosos al sector vell i al nou. Un capbreu de Sant Joan del final del segle XIV (1397) esmenta com a carrers de la vila: el carrer Major, el Jussà, el d’en Capella, el d’en Salada, la plaça Major i la plaça d’en Fuster. Com a portals de la vila o muralla s’hi esmenten el portal d’en Capella, el d’en Raurés, el portal d’en Viure i el portal Nou. El capbreu enregistrà 121 casals o peces capbrevades, dels quals 12 envoltaven la plaça Major, porticada; la resta eren casalets i patis, a més de 8 cases de beneficiats del monestir. En aquest moment ja havia pujat el cens de la població, puix que hi consten 89 famílies, de les quals 32 eren paraires, 15 teixidors, 9 mercaders, 5 pellaires, 5 sastres, 3 sabaters, 3 arquejadors o ballesters, 3 traginers, 2 escardassadors i 2 carnissers. També hi havia com a oficis únics: notari, apotecari, mestre de cases, ferrer, baster, corder, tintorer, hostaler i moliner. Els conflictes que sorgiren entre la vila de Camprodon i la de Sant Joan, deguts a causa de la creació i manteniment de la vegueria de la Ral, exigida pel rei Jaume I (1248-1250), foren causa que la vila de Sant Joan fos assetjada dues vegades per la gent de Camprodon entre els anys 1327 i 1330 i que sofrís un incendi i algunes morts. Per tal d’obviar dificultats, l’any 1 342 l’abat de Sant Joan pactà amb el rei la compra de tota la jurisdició alta i baixa, civil i criminal de la vila i sagrera de Sant Joan i Sant Pol, de Sant Martí de Surroca i d’Ogassa, de Sant Pau de Seguries i la batllia de sa Rovira, de Sant Salvador de Bianya, de Sant Martí de Puigmal, de Sant Ponç d’Oliva, de Santa Llúcia de Puigmal, dels llocs de Tregurà, Salarsa i del castell de Llaés per 10 000 sous. Davant l’oposició del veguer i gent de Camprodon, aquesta venda no es formalitzà fins el 17 de març del 1351 i la féu el rei Pere III. Així l’abat passà a ésser baró i senyor de tots aquests dominis. Aquest domini temporal dels abats durà fins a l’any 1581, que la corona recuperà la jurisdicció. Amb tot, la història de la vila de Sant Joan fou molt més plàcida que la de la veïna vila de Ripoll, perquè els seus habitants gaudien de més privilegis i exempcions que els foren concedits primerament pels reis i després pels abats. Així, el seu batlle, que era elegit per un trienni, governava d’acord amb un grup de jurats i de prohoms, elegits per insaculació, i el segle XVI tenia un consell general format per 50 prohoms, entre els quals foren elegits els jurats i cònsols, dos per la vila i un per les cases de pagès. La vila de Sant Joan tenia un mercat propi molt antic que fou reconegut pel comte Ramon Berenguer IV; més tard, l’any 1207, el rei Pere I concedí a l’abat de Sant Joan de les Abadesses la facultat de fixarlo, bé a la vila de Sant Joan, bé a la de Sant Pau de Seguries. En ésser construïda la vila nova, quedà definitivament fixat a aquesta i l’any 1230 el rei Jaume I autoritzà que fos celebrat el dimecres, però, davant l’oposició de la vila de Ripoll, que es queixà que feia competència al seu, després de deu anys de pledejar, el mateix rei Jaume I l’any 1271 el traslladà al dissabte. El mercat tenia lloc a la plaça Major, al seu centre i sota els porxos, i fou reguiaritzat amb unes ordenances noves fetes per uns comissionats de l’abat l’any 1307. Les antigues muralles de la vila foren consolidades i ampliades entorn del monestir vers l’any 1380 per ordre del rei Pere III; en aquest moment foren fortificats els absis de l’església, que foren tapats i transformats en torres, suprimides en la moderna restauració.