El lloc de Setcases apareix esmentat en unes donacions que el comte Sunifred de Besalú féu l’any 965 al monestir de Sant Pere de Camprodon. L’any 1017, mitjançant una butlla, Benet VIII confirmà al monestir de Camprodon diverses possessions, entre elles el dret del cenobi a pescar al riu Ter, des de “Septem casis” fins als Calquers. Un segle després, l’any 1118, el comte Ramon Berenguer III de Barcelona, donà al monestir de Ripoll un extens alou que posseïa “omne alodium nostrum proprium”, a la parròquia de Sant Miquel de Setcases, que devia comprendre la major part del terme, ja que des d’aleshores el monestir ripollenc n’esdevingué el senyor alodial i les rendes de Setcases foren assignades al monjo cambrer. Malgrat aquest domini senyorial de Ripoll, la jurisdicció del terme era comtal i després reial i fou exercida sempre pel veguer de Camprodon. Des del segle XVII endavant hi ha constància que continuava essent un lloc reial. L’església primitiva, edificada segurament al segle XII, fou refeta totalment després dels terratrèmols del segle XV i refeta encara de nou a partir de l’any 1729, després d’un incendi que obligà a reparar-ne les voltes i la teulada. La parròquia, que des d’un principi pertanyia al bisbat de Girona passà al de Vic l’any 1957.