L’antiga vila de Cellers apareix esmentada l’any 1046, en què els comtes de Pallars Jussà, Ramon IV i Ermessenda, donaren a Guillem Arnau i a la seva muller la vila de Cellers. En el document s’estableixen els límits del terme d’aquesta vila, que eren el riu Noguera a llevant, el Montsec al sud, la Guàrdia d’Ermedolfo a ponent, i el rec de Lezeto al nord. En el seu testament, perdut. Guillem Arnau deixà la vila de Cellers a Santa Maria de la Seu, llegat que fou fet efectiu pels seus marmessors al mes de març del 1054. A l’abril d’aquest mateix any, el comte Ramon V donava a Santa Maria de la Seu la vila de Cellers, amb tots els seus termes, homes, les esglésies i pertinences, de manera que la canònica d’Urgell devia restar amb la plena jurisdicció sobre la vila.
Per un document sense data, però datable a la segona meitat del segle XI, els canonges de Santa Maria de la Seu es queixaven contra Hug Miró, a causa de les possessions de l’església que aquest havia usurpat, i, en primer lloc, apareix una vinya situada a la vila de Cellers, i altres béns que, possiblement, també devien estar situats al seu terme.
Pere Ramon, comte de Pallars Jussà, donava, l’any 1106, tres homes que tenia a la vila de Cellers als canonges de la Seu, els quals, l’any 1117, establien a Pere Bernat i als seus tots els béns deixats en herència —el document no especifica de qui era l’herència— que tenien a la vila de Cellers, amb la condició que hi havien de construir un mas i un alberg. Un establiment semblant es documenta l’any 1457 i fou fet a favor de Joan i la seva muller Ermessenda.
També l’església de Santa Maria de Mur hi tenia possessions. En l’acta de dotació d’aquesta església, del 1069, entre els diferents béns amb què fou dotada consta una terra situada “ad ipsos Çelers”.
L’església parroquial de Cellers estava dedicada en època romànica a Santa Maria, i com a tal és esmentada l’any 1106 i l’any 1314, en la relació d’esglésies parroquials de l’ardiaconat de Tremp visitades pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona. En una data indeterminada l’església de Cellers degué canviar d’advocació i passà a estar dedicada a sant Joan Baptista. L’actual església de Cellers és una obra del final de l’edat mitjana.