En un document de l’any 1078 de donació del castell de Biscarri, feta pel comte d’Urgell a favor dels comtes de Pallars, Ramon V i Valença —que havia rebut el castell del seu pare Arnau Mir de Tost— se cita com a afrontació meridional de Biscarri el “castrum Benavente vel quallum Sancti Egidii”. Aquest topònim és pot relacionar amb l’església de Sant Gili donada, l’any 1085, per Bernat Trasver i els seus fills a la canònica de Santa Maria de la Seu d Urgell. Segons aquest document, l’església de Sancti Gilii era situada al comtat d’Urgell, entre els termes dels castells de Biscarri i Benavent. La donació incloïa tots els alous pertanyents a l’església i s’indica que els habitants del lloc haurien de pàgar el delme a l’església de la seu, però restaven lliures de tota prestació envers els senyors dels castells de Biscarri i de Benavent.
L’any 1092, en la publicació sacramental del testament de Bernat Trasver, queda ratificada la donació de Sant Gili a la canònica d’Urgell. Segons és desprèn del contingut dels documents ressenyats més amunt, Sant Gili fou en el seu origen una església de fundació privada.
Pel document del 1085 és coneixen els límits del terme on era situada l’església, és a dir, a llevant, el camí que portava al castell de Llordà; a ponent in esponna; a migdia amb el torrent que acaba a la spona; i al nord amb la serra “que respicit ad castrum Petre”. En el document del 1092 s indica que l’església de Sant Gili era a la vila de Mora, deixada per Bernat Trasver a Sant Gili vila situada entre els termes dels dos castells ja esmentats.
Amb aquestes dades no podem ser molt precisos alhora de situar el lloc on era edificada aquesta església. Tanmateix, actualment és conserva encara el topònim de “Mora”, relatiu a unes terres i una casa situades, precisament al nord de Benavent, i, per tant, al sud de Biscarri, és a dir, entre els dos termes, dins de l’indret que és denomina el raval de Sant Gili, esmentat l’any 1860, i on és poden veure uns vestigis de parets identificats amb les restes de l’església de Sant Gili. Segons és pot entreveure, aquestes restes corresponen a un edifici d’una sola nau, sense que se’n puguin fer més precisions, que podria molt bé tractar-se de l’església de Sant Gili de l’antic poblat de Mora, ara desaparegut.