La primera referència a Sant Miquel de Gelida és una fundació de 50 sous feta per Guillem de Cogomants i la seva muller Elisenda l’any 1238 a la capella de Sant Miquel. A més, aquest matrimoni feu donació d’un ciri de dues lliures que s’havia d’encendre i cremar mentre alcessin el cos de Crist, sempre que se celebrés missa.
L’any següent el rector de Sant Pere del castell de Gelida, Ponç de Pualquer, amb el consentiment del bisbe de Barcelona, Arnau, establí i concedí terres per a ell i els seus successors, i als regidors de l’església de Sant Miquel, i als cònjuges Berenguer Febrer i Elisenda, un camp situat sota la vila de Sant Miquel.
En segles posteriors es continuen fent donacions, llegats i fundacions a sant Miquel tant per part dels senyors de Gelida com pels parroquians del terme. Per la documentació dels enterraments al fossar de Sant Miquel, sabem que aquest era situat al mateix costat de l’església. S’hi van fer enterraments fins a mitjan segle passat.
Al segle XVI, i segons les visites pastorals, l’església de Sant Miquel era sufragània de Sant Pere del Castell. A partir d’aquest moment a l’edifici, s’hi van fer nombroses reformes. El 1588 s’hi va fer una nova teulada. El 1621 s’hi construí una capella que costà 167 lliures. Al mateix any es va fer un nou llindar al portal i una pica d’aigua beneita que costaven 118 lliures. Dos retaules, un de Sant Miquel i l’altre del Roser, s’hi col·locaren l’any 1625 i costaren 270 lliures. Ambdós foren realitzats per Josep Llorenç, daurador, i J. Baptista Palma, pintor genovès, residents a Vilafranca del Penedès. L’any 1655 es va posar el davanter barroc a l’altar de la Concepció.
En la visita del bisbe de Barcelona Josep Climent l’any 1772 s’autoritzà al rector de Gelida per a la realització d’obres d’ampliació. Finalment al segle següent, l’any 1857, s’enderrocà l’església de Sant Miquel per a fer-hi la nova església parroquial de Sant Pere de Gelida.