La primera menció d’aquesta església situada al poble de Pontons és del 1196, any en què Ramon d’Òdena llegà deu sous a Santa Maria de Pontons en el seu testament. Ramon d’Òdena deixà també al seu fill els castells d’Òdena, Rubinat, Montlleó i Pontons. Originàriament, Santa Maria de Pontons fou una església sufragània dependent de Sant Joan de la Muntanya.
Quan el centre d’interès deixà d’ésser l’antiga església de Sant Joan de la Muntanya, el centre de la parròquia es desplaçà a la nova població fortificada, creada als peus de l’església sufragània de Santa Magdalena (abans de Santa Maria), que fou reconstruïda al segle XIII i esdevingué la parròquia del lloc. No ha estat possible trobar fins ara més documentació d’aquell període que parli de l’esmentada església. (SLIS)
A l’interior de l’església, just darrere de la porta principal i al costat de l’escala que puja al cor, es conserva una pica baptismal d’estructura troncocònica i de perfil lleugerament còncau. La seva decoració consisteix en tres faixes horitzontals i paral·leles, unides per faixes verticals en alternança, entre les quals apareix repetida dues vegades una creu patent. (ECO-XVT)