L’església del poble d’Aiguaviva és documentada des de l’any 986, pel fet que entre les possessions del monestir de Sant Cugat, recollides en el precepte atorgat pel rei Lotari a aquest cenobi, s’hi esmenta l’església de Sant Pere ad Aquamvivam. La vinculació amb Sant Cugat, però, és desmentida posteriorment ja que en les butlles papals dels segles següents adreçades al monestir vallesà no hi consta.
Hi ha força referències històriques sobre el funcionament d’aquesta església. L’altar de Santa Maria és conegut des del 1285. Consta també que tingué un benefici dedicat a santa Margarida i un altre a sant Marc, esmentats els anys 1327 i 1347 respectivament.
Sant Pere d’Aiguaviva no va tenir mai la categoria de parròquia. Com a mínim des del segle XIV i fins al segle XVI va ser una sufragània del Montmell. Restà més tard vinculada a Sant Miquel de Marmellar, situació que s’allargà fins a mitjan segle XX. Actualment depèn de Sant Cristòfol del Pla de Manlleu.