Aquesta església es trobava dins de l’antic terme del castell de Castellar i després del de Seguers. Inicialment tingué funcions parroquials, però després les perdé i esdevingué una sufragània de la parròquia de Sant Miquel de Castellar. Finalment, en el segle passat recuperà novament les funcions parroquials.
Les primeres notícies sobre el lloc de Castellar corresponen a l’any 1022, quan Seguí, senyor del castell de Castellar, en el seu testament deixà al seu fill Company la torre de Seguers.
L’existència de l’església es comprova l’any 1098, data en la qual Bernat i la seva muller Sicarda donaren a Sant Vicenç de Cardona unes vinyes situades en els termes de Seguers (Cegari) i de Castellar, i una casa edificada en la sagrera del castell de Seguers.
Aquesta església tingué funcions parroquials molt aviat, ja que en una llista de parròquies del bisbat de Vic, datable entre els anys 1025 i 1050, apareix la parròquia de Ceger. En altres llistes de mitjan segle XII encara es troba aquesta parròquia, però després desapareix de les llistes parroquials i cap bisbe de Vic no la visità. Segurament abans del començament del segle XIV ja havia esdevingut sufragània de la parròquia de Sant Miquel de Castellar. Però com que era molt lluny de la parròquia era servida des de Prats de Rei, que és la situació en què es trobava l’any 1685, data en la qual el bisbe Pasqual de Vic visità la parròquia de Castellar.
En virtut de l’arranjament parroquial del 1878 l’església de Sant Pere de Seguers recuperà les funcions parroquials, i s’amplià el terme parroquial amb la incorporació de masos pertanyents al municipi d’Aguilar de Segarra. Aquesta és la situació que manté en l’actualitat.