Aquesta capella, que s’aixeca en el raval o nucli de les Torres, ha format sempre part de la parròquia de Sant Andreu de Pujalt, documentada des del segle XI. La capella de Sant Joan de les Torres no surt esmentada fins a l’any 1329. Tanmateix, és molt probable que sigui anterior i tingui uns orígens romànics. La capella s’hagué de reedificar el 1428.
L’antic agregat de les Torres es troba avui dia quasi totalment abandonat, però la capella continua tenint culte.