L’església de Sant Antoni, situada prop de l’edifici de la universitat, formava part de l’hospital dels antonians, el qual segurament fou el primer que aquest orde erigí a la Península Ibèrica. Els antonians arrelaren a Cervera al segle XIII, potser el 1215, seguint, en principi, la seva vocació de viure sota la regla canonical augustiniana i de vetllar pels malalts de la ignis plaga o mal de foc, la malaltia causada pel consum de pa de sègol parasitat pel fong clavíceps que afectà molta població de la baixa edat mitjana, centrada en un sistema alimentari cerealista.
El centre assistencial es veié afavorit per diverses donacions, incloses les dels monarques, que fins i tot hi feren estades al segle XIV. En aquest mateix segle, el bisbe d’Urgell, Pere de Luna, es donava a l’hospital, on morí el 1365. L’afany per organitzar bé les importants donacions havia portat, ja el 1278, a erigir l’hospital en seu d’una comanda antoniana cada cop més preocupada per la percepció de les diferents rendes. De tota manera, això mateix afavorí la decadència de l’hospital, la qual fou creixent durant el segle XIV i s’accentuà en endegar-se la quinzena centúria, quan la comunitat tractà de traslladar-se a Barcelona. Formalment, l’orde pervisqué a Cervera fins el 1787, coincidint amb la seva extinció, per bé que ja el 1738 la seva presència va ser liquidada amb l’absorció de les rendes per l’hospital de Castelltort i el traspàs del temple a l’administració del Sant Crist. L’església, ja transformada al segle XVI, adoptà al segle XVIII la fesomia actual, amb la portada del 1787, servant el primitiu campanar fins al moment de les confrontacions carlines, que fou enderrocat. Fa pocs anys l’edifici fou consolidat i en part restaurat.