Aquesta església és situada als afores de Cervera, a ponent, prop de Sant Pere Gros, al costat de la via que unia la vila i el camí ral. Sembla que ja existia en el tombant del segle XII al XIII. De fet, el 1235, rebé 12 diners com a deixa testamentària de Joan de l’Hospital i la seva esposa Ermessenda. L’indret tingué una finalitat assistencial en actuar com a hospital, almenys des d’abans del 1246, any en què se sol·licità al consell municipal, inútilment, una ampliació del centre. Tot sembla indicar que l’origen d’aquest hospital coincideix amb el de l’església, malgrat que no s’ha pogut comprovar documentalment, com tampoc res no prova que l’hospital sorgís de la deixa de dos llits per acollir cada nit sengles pobres segons indicaren els esmentats esposos en llur testament del 1235: en realitat, ni tan sols pot assegurar-se que hom esperés materialitzar aquesta donació a Santa Magdalena. Certament, és clar el seu funcionament des de la tretzena centúria, constatant-se que el 1328 era considerat l’hospital dels Hebrosos—casa dels Hebrosos de Santa Maria Magdalena, es repeteix en dates similars—, malalts que ja devia atendre des dels moments inicials de l’establiment. Regit amb procuradors sota òrbita municipal, el seu govern i la recerca de fons van ocasionar diverses topades amb els governs locals, que es tractaren d’arranjar al segle XIV mitjançant uns pactes de gestió amb participació franciscana.
L’edificació originària s’anà modificant i es transformà en un petit temple gòtic pràcticament nou a partir del 1377 arran d’una deixa testamentària. Tot i afavorir-se d’altres donacions—com el benefici fundat el 1389 per Bertran dels Arcs—, l’indret entrà en una decadència ostensible al segle XV, per bé que les pestes dels segles moderns continuaren aportant-hi malalts. Abandonat al segle XVIII, el temple fou objecte de reparacions que accentuaren la seva funció com a ermita, però que no n’impediren la progressiva ruïna, accentuada per la rovinada del 1874, l’abandó i la depredado d’elements decoratius.