Fou fundat l’any 1909 sota l’impuls de l’Ateneu Palafrugellenc. Milità diverses temporades a la segona categoria del Campionat de Catalunya i entre els anys 1931-32 i 1933-34 jugà a la primera categoria. Obtingué la millor classificació en l’edició 1932-33, en què quedà tercer, per darrere del RCD Espanyol i del FC Barcelona. Abans de la Guerra Civil, també jugà a tercera divisió estatal, categoria que després no tornà a recuperar fins a la campanya 1964-65. La temporada 2011-12 militava a segona catalana. Juga a l’Estadi Municipal Josep Pla Arbonès i disposa de nombrosos equips de futbol de base.
Equip de la temporada 1926-27 del Futbol Club Palafrugell
FC Palafrugell