El seu regnat es caracteritzà pel desig d’expansió territorial. S'emparà de la petita taifa de Tortosa (1059). Després fou atacat a ponent per Ferran I de Lleó i més tard per Sanç II de Castella, i hagué de pagar-los paries, tot i que intentà de desentendre-se'n (1069 i 1065). Ajudat per Rodrigo Díaz, el futur Cid, i tropes castellanes, vencé Ramir I d’Aragó a Graus (1063). Recuperà Barbastre, defensat per Ermengol III d’Urgell, el qual morí en la lluita (1065). Les desavinences amb el seu germà Yūsuf al-Mudaffar, senyor de Lleida, el portaren a lluitar contra Muǧahid, rei de Dénia i de les Balears, a qui derrotà el 1070, i incorporà Dénia (però no les Balears) als seus estats, que ja havia augmentat amb les annexions de Tortosa i de Lleida. Ja vell, intentà el setge de Toledo, sense resultat. El Cid, expulsat pel seu rei Alfons VI de Castella-Lleó, oferí els seus serveis a Abū Ǧa'far, el qual, però, morí abans de poder-se'n aprofitar. Construí l’alcàsser de Saragossa que porta el seu nom, Aljaferia (al-Ǧa'farīya), exemplar refinat d’arquitectura. S'envoltà d’una cort erudita, i conreà la filosofia, les matemàtiques i l’astronomia.