Té el seu origen en l’Academia Naturae Curiosorum (1657) de Madrid, que fou substituïda el 1834 per l'Academia de Ciencias Naturales. El seu nom actual data del 1847, i els seus estatuts, del 1921. Consta de 37 membres numeraris, de 42 corresponents i de 78 d’estrangers. A més de les Memorias i dels Anales, publica la Revista de los progresos de las ciencias.