Té l’origen en el Real Colegio de Boticarios de Madrid, que obtingué estatuts oficials el 1737, una institució formada per dues confraries d’apotecaris madrilenys, la de Nuestro Señor San Lucas y Nuestra Señora de la Purificación, documentada ja el 1589, i la de Nuestra Señora de los Desamparados, fundada el 1654. El 1898, declarada obligatòria la col·legialitat per als farmacèutics, refusà el caràcter de col·legi professional i passà a tenir caràcter científic. L’any 1920, quedà ratificat el seu dret a utilitzar el títol de Real, però el 1932 passà a anomenar-se primer Academia Española de Farmacia i poc després, el mateix any, Academia Nacional de Farmacia. El 1939 adoptà el nom de Real Academia de Farmacia, i finalment, el 2003, canvià de nou la denominació per l’actual, Real Academia Nacional de Farmacia.