Fou fundada a Roma el 1603 per Federico Cesi per a l’estudi de les matemàtiques, les ciències naturals i la filosofia. Galileo Galilei en fou membre. Desaparegué el 1630. Fou restablerta el 1801. El 1870 es desdoblà en Pontificia Accademia delle Scienze i en Reale Accademia Nazionale dei Lincei; aquesta darrera fou incorporada a l’Accademia d’Italia el 1939. Reconstruïda el 1944, es divideix en dues classes: la de física, matemàtiques i ciències naturals; i la de filosofia, història i filologia, amb 72 membres cadascuna. La seva biblioteca conté 467 347 volums. Edita 9 publicacions periòdiques.