La primera fou constituïda el 1700, a Berlín, per Frederic I de Prússia amb el nom de Preussische Akademie der Wissenschaften . Posteriorment hom creà les de Göttingen (1751), Baviera (1759), Heidelberg (1909), Magúncia (1949) i Renània-Westfàlia (1970). A l’antiga RDA hom reorganitzà, el 1946, l’acadèmia prussiana segons el model soviètic amb el nom de Deutsche Akademie der Wissenschaften zu Berlin (des del 1972 Akademie der Wissenschaften der DDR ). Amb la reunificació, fou absorbida per la Akademie der Wissenschaften zu Berlin , creada al Berlín Occidental el 1987. Les sis acadèmies es coordinen en la Konferenz der deutschen Akademien der Wissenschaften (Conferència de les Acadèmies Alemanyes de Ciències).