El 1895, al capdavant de les seves tropes i com a cap del partit radical, es féu amb el poder; convocà una assemblea constituent que el nomenà president (1897-1901). Malgrat el seu radicalisme verbal, la seva política no fou sinó la materialització del capitalisme naixent. El 1901 fou substituït en la presidència per Leónidas Plaza. El 1906 es féu novament amb el poder; fou altra vegada president constitucional (1907-11). Hagué d’exiliar-se a Panamà, però retornà al país, on fou derrotat i empresonat i, poc temps després, assassinat.