Fill de Ferran II de Lleó i d’Urraca de Portugal. En les vicissituds de la lluita contra Castella s’alià amb els almohades i també amb Aragó i Portugal (tractat d’Osca, 1191). Anys després, però, el seu regne fou envaït per Pere I de Catalunya-Aragó i Alfons VIII de Castella; momentàniament, posà fi al conflicte el casament de la filla del rei castellà, Berenguera, amb el rei lleonès (1197). D’aquest matrimoni nasqué Ferran III, que succeí el seu pare malgrat la designació de les seves germanes com a hereves, una d’elles en tractes de matrimoni amb Jaume I de Catalunya-Aragó a la mort del rei castellà. Alfons IX conquerí Mèrida, Badajoz i Elvas. A la cúria règia convocada a la ciutat de Lleó l’any 1188, participà per primera vegada la burgesia; pot ésser considerada com les corts més antigues conegudes a la península.