L’edifici
Actualment el conjunt del monestir es troba bastant desfigurat, a causa dels terratrèmols que al segle XV van causar l’esfondrament de les voltes de l’església i la destrucció del claustre i les dependències. Encara és possible, però, fer una lectura de l’estructura original.
L’església tenia una planta de tipus basilical que, després dels terratrèmols, es va ampliar amb capelles i altres construccions. Les naus, cobertes amb voltes de canó i capçades per un absis i dues absidioles de planta semicircular, amb voltes de quart d’esfera, al segle XVI es van allargar uns 5 m més i a sobre de les voltes, que s’havien fet molt més baixes, es va construir una galeria.
L’absis central, decorat amb arcuacions llombardes agrupades de dues en dues entre lesenes, té tres finestres de doble esqueixada. Les dues absidioles menors van quedar desfigurades i embegudes per obra posterior. L’absis de l’extrem nord, que capça una mena de quarta nau que fou afegida al segle XII, també té decoració llombarda.
La porta d’entrada devia obrir-se al costat sud-est, mentre que al mur nord-est hi havia l’accés al claustre.
A l’interior, la nau central s’uneix a les laterals amb quatre arcs de mig punt a cada costat, ornamentats a la part superior per un grup de lesenes. Els arcs descansaven damunt pilastres de planta quadrada, que van ser substituïdes per les columnes que hi veiem ara.
L’antic espai del claustre l’ocupa la capella dels Dolors, actualment tapiada, i el baptisteri. Encara que el claustre no es va reconstruir després del segle XV, a la sagristia de l’església se’n conserven dos capitells, un de decorat amb motius geomètrics i l’altre amb quatre cares. Alguns experts els daten al segle XI i els relacionen amb els del monestir de Sant Pere de les Puelles (Barcelonès).
La història
Les primeres notícies són de l’any 844, quan a Amer hi havia una cel·la benedictina dependent de Sant Medir, monestir situat prop de Girona i que a partir del 926 es va traslladar a Amer. Pocs anys més tard, el 949, l’antiga cel·la es va transformar en un monestir benedictí que, a instàncies del comte Borrell de Barcelona, va ser consagrat per Gotmar, bisbe de Girona, i dedicat a Santa Maria, sant Joan i sant Benet. Durant els primers segles de vida, la comunitat va tenir de nou a tretze membres, els quals elegien ells mateixos els abats. El papa Climent III, l’any 1186, va atorgar una butlla segons la qual el monestir passava a dependre directament de la santa seu.
El seu patrimoni era extensíssim, però també va ser objecte de diversos litigis entre el seu abat i alguns senyors, com els del castell d’Hostoles, els Campllong o els comtes d’Empúries.
La crisi del monestir, iniciada al segle XIV, es degué a la davallada de població causada per la pesta i a l’augment dels impostos. Les visites fetes pels delegats episcopals al llarg del segle XV parlen del mal estat en què es trobaven algunes parts del monestir, com ara el claustre i la sala capitular, entre altres, deteriorament agreujat pels terratrèmols dels anys 1425 i 1428. Encara que al segle XV s’hi dugueren a terme obres de reconstrucció, la decadència va culminar amb l’agregació dels monestirs d’Amer i de Roses.
Al segle XVII, durant la guerra dels Segadors, fou escenari de l’enfrontament amb les tropes de Felip IV, i algunes dependències del monestir van quedar totalment destruïdes.
Amb les desamortitzacions del segle XIX va acabar en mans particulars, i la seva església va esdevenir parroquial. Aquesta excepcional construcció, incendiada durant la guerra civil de 1936-39 i restaurada l’any 1987, està emparentada amb construccions romàniques toscanes com San Pietro in Sillano i San Appiano.