El seu casament amb Joana comportà que Navarra passés de la casa d’Albret als Borbó. Després de morir Francesc II de França fou nomenat lloctinent del regne (1561). En constituir-se a França el triumvirat catòlic (1562), Felip II l’atragué al catolicisme, que havia abandonat en casar-se amb Joana. Morí lluitant contra els protestants al setge de Rouen. Fill seu i de Joana fou el futur Enric IV de França.