Neix a l’estany d’Escalar, a la zona axial del Pirineu aragonès, i la seva vall alta és de tipus glacial, encaixada en calcàries devonianes, que talla alhora que remunta un amfiteatre format per morenes laterals entre Aratorés i Castiello de Jaca. Passat Jaca, gira vers l’oest i penetra a la Canal de Berdún, a la sortida de la qual resta embassat al pantà de Yesa. Aigües avall, rega l’horta de Xavier, Zangoza i Caseda, i rep l’Irati. Prop de Caparroso rep el Cidacos, poc després, l’Arga, per desembocar prop d’Alfaro. El seu curs baix és format per meandres, aprofitats per al regatge de l’horta fins a la confluència. L’Aragó és un dels rius més ben alimentats dels Pirineus a causa dels afluents de gran altura (Veral, Esca) i els procedents d’àrees de precipitacions oceàniques molt abundants (Irati, Cidacos). El seu règim és nival a la vall alta, i pluvionival a la resta. És explotat per companyies elèctriques d’àmbit regional.