Ocupa l’edifici construït al final del s XVI i destinat a llotja dels mercaders. Carles III la dedicà a la concentració de la documentació relativa a Amèrica, la major part de la qual era a Simancas tot esperant una ordenació adequada. Entre les catorze seccions que conté l’arxiu destaquen les següents: patronat reial, comptadoria, contractació, justícia, audiència, escrivanies, arribades, correus, amb un conjunt de més de 35 000 documents. El patronat reial comprèn butlles i breus pontificis sobre creació de catedrals i altres esglésies i nomenaments de prelats. Hi figuren, principalment, els descobriments, la descripció de territoris i poblacions, i també la informació dels mèrits i serveis dels primers descobridors, les reials cèdules de concessió d’escuts d’armes i el fons de la Casa de Contratación.