Ordenat sacerdot el 1959, es llicencià en filosofia i lletres per la Universitat de Barcelona (1964), on obtingué el doctorat en geografia i història el 1984, i el 1986 es doctorà en història eclesiàstica per la Universitat Gregoriana de Roma (1986). Professor d’història moderna a la Universitat de Barcelona i d’història eclesiàstica moderna i contemporània a la Facultat de Teologia de Catalunya, de la qual fou degà (1973-79) i vicedegà (1994-2000), organitzà les primeres edicions del Congrés d’Història Moderna de Catalunya durant la dècada de 1980 i el Congrés d’Història de l’Església de Catalunya (1993). Cap de redacció de la revista Analecta Sacra Tarraconensia i membre del consell de redacció de diverses publicacions, com Pedralbes. Revista d’Història Moderna, Afers i XX Siglos, la seva obra estigué sempre dominada per l’afany d’apropar els estudis eclesiàstics i els de la història social i cultural, camps sovint molt allunyats entre si.
De la seva extensa producció, en el camp específic de la recerca destaquen els dos llibres derivats de les dues tesis doctorals. La primera donà lloc a Situació religiosa de Barcelona en el segle XVI (1970), un estudi sobre l’impacte del concili de Trento i la seva aplicació a l’Església de Barcelona pel bisbe Guillem Caçador. D’altra banda, L’Església de Barcelona en la crisi de l’Antic Règim (1808-1833) (1986), és el resultat de la seva tesi a la Facultat de Geografia i Història, centrada en la figura del bisbe Pau de Sitjar. El seu interès pel període de transició derivà tardanament en una atenció més gran per l’etapa il·lustrada, reflectida en el volum de la revista Afers (1998) dedicat a la Il·lustració als Països Catalans, del qual fou coordinador, i la seva aportació a l’obra col·lectiva Bisbes, Il·lustració i jansenisme a la Catalunya del segle XVIII (2000), amb un capítol sobre “L’episcopat il·lustrat a la Catalunya de la segona meitat del segle XVII”.
A més de la recerca estricta, desenvolupà una important tasca de divulgació, orientada a facilitar la comprensió del fet religiós des d’una perspectiva històrica, mitjançant monografies de síntesi, entre d’altres El Seminari de Barcelona (1868-1982) (1983), Catalònia religiosa. Atles històric: dels orígens als nostres dies (1991, amb Genís Samper), La Inquisició a Catalunya (1992), Història del cristianisme (2000) i Història del cristianisme a Catalunya (2005), o la participació en obres col·lectives (Història. Política, societat i cultura dels Països Catalans, 1997, i La cultura catalana del Renaixement a la Il·lustració, 1997). Cal esmentar també, en aquest vessant més generalista, Bartolomé de las Casas. Context religiós i social (2000), Clericalismo y anticlericalismo (2002) i, en una incursió al segle XX, Reptes de la teologia en el tombant del mil·leni (1999) i Societat i Església a Catalunya. Cent anys entre constitucions i dictadures (2011), en què defensa, aportant diverses proves, que el bisbe Irurita, en contra de les tesis tradicionalment acceptades, no fou afusellat per la FAI.
Fou autor també de monografies dedicades a destacades figures del món cultural i religiós del principi de l’època moderna, com ara Luter (Martí Luter. Perfil psicològic i bibliogràfic, 1983), Erasme (Aportació d’Erasme a la Reforma, 1986), Antoni Agustín (L’obra d’Antoni Agustín, 1988), i de la historiografia catalana recent (Miquel Batllori i la història de l’Església del Concili de Trento al segle XIX, 1998). Assessor de la col·lecció “Clàssics del cristianisme”, en confegí estudis introductoris d’obres de Savonarola, Bossuet i Zwingli.
Quant al seu vessant més pròpiament eclesiàstic, fou delegat episcopal d’ensenyament i catequesi de Barcelona (1973-81). Des d’aquest càrrec proposà sense èxit la substitució de l’assignatura de religió als centres d’ensenyament per la de cultura religiosa. També desenvolupà tasques ecumèniques. Defensor d’una Església en sintonia amb el món actual, es mostrà partidari d’una renovació del catolicisme, especialment del sacerdoci i la seva relació amb el món secular, així com d’una Església catalana, posicions que li reportaren desacords amb la jerarquia.