De forma de vuit i amb una superfície d’1.075.315 m2, té, de nord a sud, una longitud de 2.080 m, una amplada, que varia segons el lloc, entre 730 i 235 m i una profunditat que va de 6 m, al llindar que correspon a la part més estreta, a 62 m al fons d’un embut situat a la part meridional. En aquesta part presenta, al seu voltant, tretze estanyols de petita extensió (entre d’altres, els de la Cendra, del Vilar, gros i petit de Montalt, de Porqueres, de la riera Castellana, de ca n'Ordis, etc.). Es nodreix de deus subterrànies molt regulars, que li aporten uns 600 litres d’aigua per segon. Assentat sobre la falla ponentina de l’Empordà, fou molt més extens en un altre temps, com indiquen les toves calcàries que es troben fins al Fluvià al nord, fins a Camós a migdia i fins a Sant Andreu del Terri a llevant. Hom ha comprovat que les aigües procedeixen del Llierca i de la riera de Borró i circulen per la falla, dissolen grans gruixos de guixos a la zona banyolina i han produït els embuts de les deus i el mateix aparell lacustre. És, doncs, alhora un llac tectònic i càrstic. Desguassa per cinc emissaris que travessen el nucli urbà, canalitzats de fa segles i aprofitats per a la indústria, els quals són l’origen del Terri (recs de Guèmol, Major, de la Figuera d’En Xo, d’en Teixidor i de ca n'Hort).
Hom hi practica la pesca esportiva. Els peixos principals que habiten el llac són els barbs (Barbus meridionalis), les anguiles (Anguilla anguilla), les bagres (Leuciscus cephalus), els sorellets (Gasterosteus aculeatus), les tenques (Tinca tinca) i les carpes (Cyprinus carpio); aquestes darreres hi foren introduïdes a partir del 1910, juntament amb salmònids, que no s’hi aclimataren bé, i gardins (Leuciscus erytrophthalmus), peixos d’origen francès que no habiten altres aigües a la península Ibèrica. Posteriorment hi ha estat introduïda l’espècie Esox lucius, que és la més abundant actualment en el llac. Entre el 1910 i el 1918 hi tingué lloc anualment una coneguda Festa del Peix. Entre els ocells aquàtics que hi acudeixen més sovint, sobretot als canyissars i a les jonqueres que el cenyeixen, cal esmentar els coll-verds (Anas platyhynchos), els xarxets (Anas creca), les fotges (Fulica atra), les polles d’aigua (Gallinula chloropus), els becadells (Gallinago gallinago) i les becades (Scolopax rusticola). D’ençà del 1969 funciona un centre de limnologia, instal·lat a la riba mateix, que depèn del Departament d’Ecologia de la Universitat de Barcelona. El dret d’aprisió de l’erm i de l’estany fou atorgat al monestir de Banyoles per Lluís el Piadós el 822. Els abats exerciren lliurement llur domini sobre l’aigua del llac, sobre els recs i sobre la pesca fins a la fi del s XVII. El monestir vengué al municipi el dret sobre les aigües, tot fent determinades reserves, entre les quals la facultat de nomenar el batlle d’aigües. El 1847, finalment, l’ajuntament de Banyoles adquirí la plena propietat de l’estany. El 1949 fou declarat “paratge pintoresc”. L’estany ha esdevingut un centre esportiu important: natació i navegació a la vela i al rem (les primeres regates tingueren lloc el 1886, i als Jocs Olímpics de 1992 hom hi celebrà proves de rem) i esquí aquàtic. L’any 1990, a la zona d’escanyament de la riba oriental de l’estany, a la zona coneguda com la Draga hi fou descobert un jaciment neolític lacustre, les successives excavacions dels quals l’han revelat com un dels més importants en el seu gènere a Europa. A la mateixa zona fou inaugurat l’any 1992 el Parc Urbà de la Draga, el qual, amb una superfície de 105.082 m2 és la zona verda més gran de Banyoles.