Net i hereu de Tomàs de Banyuls i de Llupià. Durant la guerra dels Segadors lluità contra Felip IV de Castella. El 1642 fou nomenat, per les autoritats franceses a Catalunya, procurador reial dels comtats de Rosselló i Cerdanya, i governador un any més tard. Ben aviat contrari, però, al caràcter opressor que adquirí la intervenció francesa, l’any 1653 dirigí una revolta al Conflent, i un any després capitanejà un aixecament de pagesos al mateix Conflent, i amb el reforç d’homes de la guarnició de Puigcerdà derrotà els francesos al Capcir. Controlat el Rosselló novament pels francesos, es refugià al Principat. És fill seu el militar Carles de Banyuls i Comte.