En introduir-se la Reforma a la ciutat (1528-1529) el bisbe abandonà Basilea i es retirà a Porrentruy, mentre que el capítol s’instal·là a Friburg de Brisgòvia i, més tard, a Arlesheim (1678). Després del període de les guerres de la Revolució Francesa i de l’Imperi, la pau de Viena (1815) atribuí la major part del territori al cantó de Berna (Jura).