Durà del 1431 al 1449. La sessió inaugural fou presidida, en nom del cardenal Cesarini, per Joan de Ragusa i per Joan de Palomar, ardiaca de Barcelona. La poca afluència de bisbes mogué el papa Eugeni IV a suspendre'l, però els pares conciliars, defensors de les teories conciliaristes, no solament s’hi oposaren, sinó que proclamaren novament els drets de Constança ( concili de Constança ) i fins i tot citaren el papa a judici. Al cap de dos anys de pugna i havent aconseguit els pares de Basilea la pau amb els hussites gràcies a una ambaixada enviada a Praga, presidida per Joan de Palomar (1433), el papa declarà legítim el concili. La radicalització de l’actitud reformista antipontifícia dels membres del concili i la petició grega de celebrar un concili unionista a Itàlia provocaren un nou enfrontament en traslladar el papa la celebració del concili a Ferrara (1437). Els qui restaren a Basilea condemnaren el papa com a heretge i nomenaren un nou papa, Fèlix V (Amadeu VIII de Savoia). L’èxit del concili papal de Ferrara-Florència i l’apropament dels reis al papa deixaren sense ajut els reunits a Basilea, que es traslladaren a Lausana (1448), on residia Fèlix V, el qual, amb la seva abdicació, provocà la total dissolució del concili de Basilea (1449).