El comte Bernat Tallaferro féu renovar l’església, consagrada el 1003, i li donà les relíquies de sant Prim i sant Felicià, que foren centre de devoció i de pelegrinatge comarcal. Amb intent de reformar-la, el comte Bernat II, el 1070, la uní a Sant Víctor de Marsella. El 1086 recuperà la dignitat abacial. Tingué un priorat prop dels murs de Tarragona, el de Santa Magdalena, i, a més, el de Santa Maria de Collell. El 1592 el papa Climent VIII li adjuntà els monestirs de Sant Quirc de Colera i de Sant Llorenç del Mont (o de Sous). Sant Pere de Besalú s’extingí amb l’exclaustració del 1835. Entre el 1908 i el 1914 serví d’estatge als monjos francesos d’Encalcat, expulsats de França per la llei de Combes (1904). L’església abacial, renovada vers el 1160, és ara l’església parroquial de Besalú. Té tres naus i tres absis, el central amb un deambulatori, els capitells del qual demostren la mà d’un artista del nord d’Itàlia. La resta del treball esculpit s’assembla al treball de les escoles rosselloneses. El massís campanar que li fa costat és obra del 1697.
Vista del monestir de Besalú
© Fototeca.cat