Fundada el 1609 pel cardenal i bibliòfil italià Frederic Borromeo. Al segle XIX el cardenal Angelo Mai, després bibliotecari de la Biblioteca Apostolica Vaticana, recuperà molts dels seus manuscrits, entre els quals el palimpsest que conté algunes obres de Plaute, discursos de Ciceró, etc. Disposa de 850 000 volums, 35 000 manuscrits —la majoria llatins, grecs i orientals—, 2 100 incunables, 5 000 dibuixos, 19 000 impresos, etc. Cal remarcar, entre els seus manuscrits, el Pentateuc en grec, del segle V, un Flavi Josep en papir, del segle V, fragments gòtics d' Ulfiles i un Virgili amb notes autògrafes de Petrarca.