Fill de Pròsper de Bofarull i Mascaró. Estudià lleis a la Universitat de Cervera i es llicencià als Estudis Generals de Barcelona. Succeí el seu pare (1849) en la direcció de l’Arxiu de la Corona d’Aragó, en el qual ja havia treballat com a oficial i sotsarxiver. Inaugurà el nou local de l’arxiu a l’antic palau del lloctinent, el 1853, després de moltes dificultats i gràcies a l’aportació econòmica (50 000 ptes) de tot Catalunya. Des del 1860 prosseguí la Colección de Documentos Inéditos del Archivo General de la Corona de Aragón, de la qual foren publicats 23 volums sota la seva direcció. Vocal de la Comissió de Monuments històrics i artístics, incorporà a l’arxiu 6 506 volums procedents de les biblioteques dels convents i monestirs suprimits. Dirigí la restauració del claustre del monestir de Sant Cugat del Vallès. Membre de l’Academia de la Historia de Madrid i d’altres entitats espanyoles i estrangeres. Publicà, entre altres treballs, Documentos inéditos relativos a la historia del virreinato de San Francisco de Borja en Cataluña i Les funeràries dels reis d’Aragó (1886), i deixà inèdites una monografia sobre Montblanc, una biografia sobre Mossèn Borra, una història de l’Arxiu de la Corona d’Aragó i un estudi sobre els jueus en els territoris de la corona catalanoaragonesa.