Aquell tenia dubtes sobre la paternitat, però el féu legitimar perquè pogués rebre beneficis eclesiàstics; a nou anys era ja canonge de València. El 1494 es casà al Castell Nou de Nàpols amb Sança d’Aragó, filla natural d’Alfons II de Nàpols. Aquest atorgà als nuvis el principat de Squillace i el ducat de Cariati a Calàbria, més el dret d’anomenar-se Borja d’Aragó. Refugiats a Roma durant l’ocupació de Carles VIII, retornaren a Nàpols, on el 1506 morí Sança, que s’havia fet cèlebre per les seves infidelitats conjugals. Es casà novament, amb Maria Milà d’Aragó, filla del comte d’Albaida, de la qual nasqué l’hereu i successor Francesc.