Noble i militar. Fill i successor de Joan de Borja i de María Enríquez, cosina germana de Ferran II de Catalunya-Aragó. Fou un dels caps de la noblesa valenciana que lluità contra els agermanats el 1521; durant l’assalt al palau de Gandia fugí a Peníscola; en reconquerir els seus estats fou ferit a la galta. Lluità també contra els moriscs a la serra d’Espadà i contra els corsaris barbarescs. Es casà (1509) amb Joana d’Aragó i de Gurrea, filla de l’arquebisbe de Saragossa Alfons d’Aragó i, novament (1523), amb Francesca de Castre-Pinós. El seu hereu i successor en el ducat fou Francesc de Borja i d’Aragó, lloctinent de Catalunya i tercer general de la Companyia de Jesús.