El lloc de la Bovera és conegut des del 1190, any en què el cavaller Pere de Tàrrega decidí fundar en aquest indret un monestir que va posar sota la protecció de Vallbona de les Monges. El monestir és documentat a partir del 1195, moment en què era regit per Elisenda de Tàrrega, filla del fundador. A causa de la manca d’aigua, el 1237 la comunitat, amb permís del papa Gregori IX, fou autoritzada a buscar un nou emplaçament. Una part de la comunitat anà al nou monestir de Valldaura d’Olvan, al Berguedà, mentre es duia a terme la construcció del monestir de Vallsanta, al peu de la Bovera, on ja residia definitivament la resta de comunitat el 1246. La Bovera restà des d’aleshores com a ermita o santuari marià.
Del seu passat medieval conserva, només, part d’una galeria de claustre, del final del segle XII o principi del XIII que es troba a l’interior de la casa de l’ermità, on també són visibles les restes d’una antiga torre de defensa aixecada el 1438. El conjunt fou restaurat al final del segle XV. D’aquesta època daten el retaule de la Mare de Déu de la Bovera, de Francesc Olives (1481, actualment al Museu Episcopal de Vic), i el pòrtic renaixentista de la casa de l’ermità, contruït potser ja al segle XVI.
L’església adossada a la casa de l’ermità fou bastida de bell nou entre 1726 i 1730 per Ramon Nicolau, mestre d’obres de Guimerà, per encàrrec dels ducs d’Ixart, senyors del lloc. És un edifici barroc d’una nau amb dues capelles laterals per banda, presbiteri poligonal i volta de canó amb llunetes. La façana, feta amb carreus ben tallats, reaprofitats de la construcció anterior, té un portal de tipus classicista, amb frontó partit. Finalment, el 1799 fou refeta la casa de l’ermità, aprofitant materials antics i integrant els elements ja esmentats.
Pel Dilluns de Pasqua és tradició fer un aplec al santuari de la Bovera i un altre el 15 de maig. Però en realitat la festa de la Mare de Déu que es venera en l’ermita de la Bovera s’ha vingut celebrant fins els nostres dies el dia 8 de setembre. Antigament, l’ermita esdevenia punt de confluència en moments de necessitats o de desgràcies, quan la població hi acudia a fer rogatives a la Mare de Déu.