Es casà (~1321) amb Timbor de Fenollet, filla del vescomte d’Illa i de Canet. Heretà el vescomtat de Bas del seu parent Hug d’Empúries (1335), però poc temps després el cedí al rei Pere el Cerimoniós, a canvi de Cànoves i Bell-lloc. El 1343 es retirà al monestir de Sant Salvador de Breda i cedí el vescomtat de Cabrera al seu fill Ponç IV, però Pere III el feu conseller seu (1347) i el dugué a Aragó. Allí derrotà els nobles de la Unió aragonesa (Épila, 1348) i poc després, a Mislata, els de la Unió valenciana. Mort el seu fill Ponç IV (1349), cedí el vescomtat de Cabrera a Bernat III (Bernat de Cabrera), un altre fill. L’any següent el rei li confià la curadoria de l’infant Joan (1350-54), i el 1352 rebé de nou el vescomtat de Bas. Havia ja pres part en l’expedició a Sardenya de 1323-24, i comandà les del 1353 i 1354; la presa de l’Alguer i la victòria de Quart refermaren el seu prestigi.
El 1354 redactà les Ordinacions del fet de la mar, en què organitzà la marina catalana. La seva acció diplomàtica no aconseguí d’evitar la guerra amb Castella (guerra dels Dos Peres); negocià una treva amb Pere I de Castella (1357), que aquest violà tot seguit; lluità a la frontera d’Aragó i negocià la pau a Deza (Castella) i a Terrer (Aragó) (1361). Signada la pau, combaté per ordre de Pere III, juntament amb Pere I de Castella, els sarraïns de Granada amb 6 galeres i 300 cavallers catalans i aragonesos en l’acció contra Gibraltar, finida la qual el rei de Castella tornà a envair Aragó i assetjà Calataiud.
L’enemistat sorgida en el si de la noblesa, dividida en dos bàndols encapçalats, respectivament, pel seu fill i per l’infant Ramon Berenguer, comte d’Empúries, feren que Pere III, instigat pel rei de Navarra i Enric de Trastàmara, li demanés que es justifiqués. Bernat fugí a Navarra, on el rei Carles el feu presoner. Sotmès a procés, les nombroses aparences de culpabilitat contra ell i el seu fill determinaren la seva execució a Saragossa (1364). Tot i que una part dels seus béns fou restituïda després al seu net Bernat IV de Cabrera, el seu procés no fou revisat ni fou rehabilitat del suposat delicte.