Participà en la Primera Guerra Mundial com a membre del servei d’espionatge naval, a Madrid. Nomenat cap de l'Abwehr el 1935, participà en els serveis de cooperació amb les forces del general Franco durant la guerra civil de 1936-39. Des del 1938 mantingué una actitud contrària a la política d’expansió de Hitler i sostingué una pugna intensa contra les SS de Himmler, el qual aconseguí la dissolució de l’Abwehr (1944). El mateix any, Canaris participà en l’atemptat del juliol contra Hitler. Arrestat, fou executat al camp de concentració de Flossenbürg.