Fill d’Hug de Cardona i de Gandia, senyor de Guadalest i de Gandia, i de Blanca de Navarra, de la qual heretà les baronies navarreses. Durant les desavinences en aquest regne entre el futur Joan II de Catalunya-Aragó i el seu fill Carles, fou gran partidari del darrer. En fou majordom i secretari. El 1461 negocià el matrimoni del príncep Carles amb Isabel de Castella. Mort el príncep, lluità contra Joan II de Catalunya-Aragó al servei d’Enric IV de Castella. Fou un dels representants catalans a Baiona (1463). Després de la renúncia d’Enric, es retirà a València i oferí els seus serveis (1464) al conestable Pere de Portugal (Pere IV dels Catalans), que el féu comte de Cardona in partibus. Casat amb María Fajardo y de Quesada (1464), filla de l'adelantado de Múrcia Alfonso Yáñez Fajardo, creà grans dificultats a Joan II a València, ben recolzat en el sogre i en els magnats castellans (Manrique, etc) enemics del rei. Aquest hagué d’anar a València per sotmetre'l, però s’hagué de conformar amb un pacte clarament favorable a Joan de Cardona (1467). Vers el 1470 heretà les baronies del seu pare. El 1477 prengué part en les bandositats valencianes al costat dels Corella. Sembla que morí a la darreria del segle. L’heretà el seu fill Alfons de Cardona i Fajardo, almirall d’Aragó i ascendent dels marquesos de Guadalest i de Castellnou.