Fill de Rafael Casanova i Solà, propietari rural, natural de Moià, i de Maria Comes i Sors, nascuda a Granollers. El pare ocupà diferents càrrecs a la seva vila nadiua: cap del sometent, conseller, sotsveguer i, finalment, batlle. Rafael Casanova cursà estudis de filosofia i dret civil i canònic a la Universitat de Barcelona, on obtingué la titulació de doctor. Essent resident a la Ciutat Comtal, es casà, el dia 22 de juliol de 1696, amb Maria Bosch i Barba, filla d’una casa benestant de Sant Boi de Llobregat i vídua de Josep Campllonch i Puig, doctor en medicina. El matrimoni tingué quatre fills.
Entre el 1704 i el 1705 treballà per a la comunitat de preveres de Moià en qualitat d’advocat. Esclatada la guerra de Successió, el seu nom fou extret per a ocupar el càrrec de conseller terç de Barcelona el 25 de gener de 1706, en substitució de Jacint Lloreda, que havia mort la setmana anterior. L’abril del 1706 s’inicià el primer setge borbònic contra Barcelona i, havent mort el conseller en cap Francesc Nicolau de Santjoan, el 22 de maig de 1706, quedaren al capdavant de la ciutat el conseller segon, Francesc Gallart, i el conseller terç, Rafael Casanova. Derrotat l’exèrcit borbònic i aixecat el setge, el 6 de febrer de 1707 Carles III concedí a Casanova la dignitat de ciutadà honrat de Barcelona. Com a tal assistí a les sessions del braç reial a la darrera junta de braços, que s’obrí el 30 de juny de 1713, a fi de decidir si el Principat s’havia de sotmetre a Felip V o si calia continuar defensant amb les armes les constitucions amenaçades. Havent triomfat finalment la tesi de la resistència a ultrança, Casanova entrà a formar part de la Junta de Defensa, formada per cinc persones, que havia d’estudiar les propostes del cap militar de les forces catalanes, Antoni de Villarroel. Tot just llavors s’iniciava el setge de Barcelona. El 30 de novembre de 1713, diada de Sant Andreu, tingué lloc la tradicional renovació anual dels sis consellers de Barcelona. El nom de Rafael Casanova fou extret per a assumir les funcions de conseller en cap, càrrec en què substituí Manuel Flix i que duia aparellat el grau de coronel (comandament màxim) de la Coronela, la milícia de la ciutat. Casanova també assumí el càrrec de governador militar de Barcelona. A les darreries de desembre del 1713, Casanova augmentà la seva influència militar en assumir el control de la fortalesa de Montjuïc, que havia estat dirigida fins llavors pel coronel Pau de Thoar.
El 29 de juliol de 1714, vista la situació delicadíssima que representaven la presència de Berwick i els seus reforços, decretà la mobilització de tots els homes de 14 anys en amunt. Pel mateix motiu, publicà una crida en què demanava socors a les ciutats i viles del país. En la junta de guerra del 8 d’agost de 1714, Casanova, Villarroel i la resta de consellers foren partidaris de continuar la resistència. El 3 de setembre Berwick comminà a la rendició. L’endemà, en el marc d’una nova reunió de la junta de guerra, Casanova i Villarroel es mostraren partidaris de pactar una treva de dotze dies, que hauria pogut permetre reorganitzar les tropes i esperar l’anunciat comboi de Mallorca. Predominà, però, el parer contrari, que Casanova acceptà sense reserves, i treballà intensament per preparar la defensa de la ciutat davant la imminència d’un nou assalt general. Aquest es produí la matinada de l’Onze de Setembre. Casanova dirigí personalment la Coronela cap al baluard de Sant Pere i el Portal Nou. Durant el combat el conseller en cap caigué, ferit en una cuixa, sobre el terraplè de la muralla corresponent al baluard de Sant Pere. El ferit fou ingressat al col·legi de la Mercè, on havia quedat instal·lat l’hospital militar. Allí fou visitat pel conseller segon, Salvador Feliu de la Penya, i rebé la notícia de la capitulació de la ciutat.
Durant força temps es donà per cert que algú havia simulat la seva defunció mitjançant una inscripció falsa de traspàs al seu nom, amb la intenció d’evitar-li el càstig polític dels ocupants. Avui en dia, aquesta teoria no té gaire fonament. A l’Hospital de la Santa Creu qui figurava inscrit era Rafael Casanovas, fuster fadrí, natural de Vilafranca, domiciliat al carrer de l’Hostal del Sol, mentre que l’autèntic Rafael Casanova tenia el seu domicili, com era públic i notori (també per als borbònics), al carrer dels Banys Nous. Per altra banda, sí que és cert que es destruïren papers personals de Rafael Casanova que el podien comprometre. Això no obstant, ell mateix fou obligat més tard per les autoritats d’ocupació, l’any 1716, a lliurar el seu títol de ciutadà honrat de Barcelona i les Constitucions aprovades el 1706, que encara conservava. En tot cas, immediatament després de l’entrada de l’exèrcit borbònic a Barcelona, sembla que fou dut en secret a la casa dels seus sogres, a Sant Boi de Llobregat, on vivia el seu fill Rafael i on romangué un cert temps. Així i tot, Garcia Espuche assenyala que Casanova es trobava de nou a Barcelona el 19 d’octubre de 1714. L’any 1719, després d’haver demanat i haver rebut el perdó reial, va tornar a exercir com a advocat. Després de la pau de Viena de 1725, pogué recuperar, no sense haver de pledejar, les propietats que li havien estat confiscades, les quals tenien un valor econòmic considerable. L’any 1730 testà a favor del seu fill Rafael, amb motiu del casament d’aquest. Fins l’any 1737 continuà dedicat a l’advocacia. El 2 de maig de 1743 morí a Sant Boi de Llobregat i fou sepultat a l’església parroquial de Sant Baldiri.