Fou establerta per Napoleó el 8 de febrer de 1810, al marge del govern del seu germà, el rei Josep I d’Espanya: els governadors generals (els mariscals Augereau i Macdonald i el general Charles Decaen) depenien directament del govern de París, mentre que l’administració es vinculava estretament a l’exèrcit imperial. El nou règim fou proclamat amb gran aparat pel mariscal Augereau, després d’adreçar al·locucions en català, comminant els catalans refractaris a la dominació napoleònica a deposar les armes. Féu catalanitzar el Diario de Barcelona, anomenat aleshores Diari del Govern de Catalunya i Barcelona. Tot i haver estat intentada la traducció al català del codi de Napoleó, prevalgué un afrancesament de la nova administració. A partir del 1812, amb l’annexió de facto del Principat, dividit en quatre departaments —del Ter, amb capital a Girona, de Montserrat (a Barcelona), del Segre (a Puigcerdà), que incloïa Andorra i excloïa la Vall d’Aran, agregada a l’Alta Garona, i de les Boques de l’Ebre (a Lleida), al qual foren agregades les comarques catalanes veïnes fins aleshores administrativament aragoneses—, hi fou establert un nou sistema d’administració civil sota el càrrec de dos consellers d’estat com a intendents imperials: el baró de Gérando, per als departaments del Ter i del Segre, i el comte de Chauvelin, per als de Montserrat i de les Boques de l’Ebre; s’instal·laren al Principat, juntament amb ells, els sotsprefectes de Figueres, Solsona, Talarn, Vilafranca del Penedès, Tarragona, Tortosa i Cervera, però alguns d’aquests funcionaris no arribaren a exercir llurs càrrecs des de les seus corresponents. A mitjan 1813 aquesta estructura prefectural s’hagué de reduir, com a conseqüència de la campanya de Rússia; restava aleshores al davant d’aquesta administració civil el baró de Chauvelin, amb residència a Girona; a la fi d’aquell any, Decaen fou substituït pel mariscal Suchet, que, governador de València i d’Aragó, s’havia fet càrrec ja feia mesos del govern de les Boques de l’Ebre, i que fou governador general de Catalunya fins a la fi de la dominació napoleònica (1814).