Fundada pels doris, creà colònies a les illes eòliques i tingué una factoria a Naucratis (Egipte). Passà a dependre dels perses (540 aC), i durant el sV aC fou aliada d’Atenes. Formà part de l’imperi d’Alexandre i de diversos regnes hel·lènics, fins que es convertí en ciutat lliure dins la província romana d’Àsia (129 aC). Segons que sembla per les restes conservades, la ciutat era de planta ortogonal. Prop de Cnidos, l’atenès Conó destruí l’esquadra manada per l’espartà Pisandre (394 aC).