Nomenat governador interí d’Hispaniola pel descobridor quan aquest anà a explorar l’illa de Cuba (1494), el 1495 tornà a Castella, i posteriorment (1496) substituí el seu germà Bartomeu en el comandament de La Isabela. Durant l’absència de Cristòfor exercí el càrrec de governador de Santo Domingo (1500), i es negà a transferir-lo al tot just nomenat Bobadilla. Juntament amb els seus germans, fou empresonat i enviat a Castella.