Fou creat per Felip II (1582) després d’incorporar Portugal a la corona (1580). Fou organitzat (1586) amb un president, sis consellers i dos secretaris, representatius dels tres estaments portuguesos. El 1611 fou substituït per una junta de govern, amb no tantes facultats com el consell. Felip IV el restablí el 1658, quan s’havia consumat la separació de Portugal, com a instrument de penetració en aquest regne, però Carles II el suprimí definitivament el 1688 en reconèixer la independència portuguesa.