Tingué un lloc preeminent, entre els fins de la institució, el culte de la capella, segons l’esperit reformista posttridentí: el ritual litúrgic fou establert minuciosament per a la major esplendor del culte eucarístic. En depenia una capella de música que ha estat el viver de la millor música religiosa valenciana. Figuren entre els seus mestres de capella, al llarg del s. XVIII, Joan Baptista Comes, Vicent Garcia, Josep Hinojosa, Antoni Teodor Hortells, Anicet Baylon. Al final del s. XIX es destacaren Salvador Giner i Vicent Ripollès. Entre els organistes hom troba Manuel Nano a mitjan s. XVIII, Francesc Morera (1731-93), Joan B.Plasència (1816-55), Josep Maria Úbeda i Josep Machancoses i Estellés, els dos darrers, del s. XX. El patriarca adquirí fins a unes 43 cases davant l’estudi general per a la construcció del Col·legi: les obres, dirigides principalment per Guillem del Rei, autor de la capella i del notable claustre renaixentista, foren iniciades el 1586; la capella, acabada el 1596, fou decorada amb frescs de Bartolomé Matarana i pintures de Francesc Ribalta, de les quals es destaca la Santa Cena, que presideix l’altar major; és notable la ceràmica que ornamenta una gran part de les dependències de l’edifici. La solemne inauguració del Col·legi tingué lloc el 8 febrer de 1604, en presència de Felip III de Castella. Les constitucions foren redactades pel mateix Juan de Ribera a partir del 1600, que les ratificà el 1610. Amb el saqueig de les tropes napoleòniques (1813) i la desamortització el col·legi entrà en decadència, però en 1893-96 hom restaurà l’edifici (Marià Benlliure esculpí l’estàtua del fundador, al centre del claustre). Actualment, manté la doble funció docent i litúrgica originals, i és un important centre d’investigació històrica: l’arxiu general conté la documentació sobre Juan de Ribera (títols i documents personals, arquebisbat, lloctinència, fundacions, testament, processos de beatificació i canonització), els llibres de personal i de la casa episcopal, els llibres de finances (s. enyories d’Alfara i Burjassot, lliurances de caixa, despeses de cambra), els documents relacionats amb la qüestió dels moriscs i també l’administració del Col·legi a través de la seva evolució; els documents pertanyents al funcionament de la capella constitueixen un dels arxius musicals peninsulars més importants en el camp de la música religiosa, vocal i instrumental. Comprèn manuscrits de cant pla, manuscrits i impresos de música polifònica dels s. XVI i XVII i un extens repertori de música religiosa dels s. XVIII-XX. La biblioteca (3 000 volums) conserva la important col·lecció de llibres del fundador (s. ants Pares, Bíblia, dret canònic, teologia, medicina), amb 1 890 volums publicats al s. XVI, manuscrits i incunables (64), alguns dels quals exemplars únics. Han estat adquirits nous fons històrics, entre els quals ressalta la immensa col·lecció de protocols (en nombre de 28 582), que va del s. XIV al XIX, el fons de la biblioteca-arxiu de Gregori Maians i Siscar, amb la seva abundosa correspondència i els documents col·leccionats per l’erudit, els llibres de Vives i Ciscar, els documents i la correspondència de Josep Domènec Corbató i una valuosa col·lecció de mapes. Les nombroses obres d’art, especialment pictòriques, adquirides per Juan de Ribera, són organitzades en un museu obert al públic, en el qual es destaquen obres d’El Greco, un tríptic atribuït a Van der Weyden (o a Dierick Bouts), Mabuse, Paolo di San Leocadio, Sebastiano del Piombo, Joan de Saranyana i Ribalta. A la capella del Monument (Puríssima) es conserven uns tapissos flamencs del s. XVI.