Bernat Cotoner, el primer de qui hom té notícia, comprà una gran alqueria a Valldemossa el 1363. El seu net Nicolau Cotoner i Genovard tingué tres fills: Nicolau, Bernat i Gabriel Cotoner i Saguals, fundadors de les tres línies del llinatge, que començà a adquirir importància amb el besnet de Nicolau Cotoner i Saguals, Antoni Cotoner i Vall-llobar, ciutadà honrat i jurat de Mallorca, comissionat prop de Felip II per sol·licitar la creació de l’audiència de Mallorca (concedida el 1571) i armat cavaller pel rei el 1572. En fou fill Bernat Lluís Cotoner i Ballester (mort el 1641), implicat en les lluites nobiliàries mallorquines dels Canamunt i Canavall i, més tard, canonge de la seu i inquisidor de Sardenya. Fills de la primera muller foren Nicolau Cotoner i de Santmartí (mort el 1628), que esdevingué gran prior de Catalunya de l’orde de Sant Joan (1622), i Marc Antoni Cotoner i de Santmartí (mort després del 1608), capità d’artilleria, clavari i jurat municipal, que es casà (1597) amb Joana d’Olesa, pares de la generació més il·lustre del llinatge, molt vinculada a l’orde de Sant Joan: Rafael Cotoner i d’Olesa i Nicolau Cotoner i d’Olesa foren grans mestres de Sant Joan a Malta, Bernat Cotoner i d’Olesa, bisbe de Mallorca, Marc Antoni Cotoner i d’Olesa (mort vers el 1656), inquisidor de Sicília, Miquel Cotoner i d’Olesa, comanador de Sant Joan, i Francesc Cotoner i d’Olesa (mort el 1687), cavaller de Sant Jaume de l’Espasa, el fill del qual, Marc Antoni Cotoner i Sureda-Vivot (mort el 1749), filipista, obtingué el títol de primer marquès d’Ariany (1717) i fou regidor degà del primer ajuntament borbònic de Palma. Aquesta línia s’acabà amb la seva neta Maria Teresa Cotoner i Despuig, que es casà amb Joan Antoni de Boixadors-Pacs.
Els Cotoner
Miquel Cotoner i Sureda-Vivot (mort el 1737), germà de Marc Antoni, fou el fundador de l’única línia avui existent. El seu fill Francesc Cotoner i de Sales (mort el 1807), regidor de Palma (1752-63) i militar, fou pare de Josep Cotoner i Despuig (mort el 1846), cavaller de l’orde de Calatrava i regidor perpetu de Palma. En fou fill el militar liberal Ferran Cotoner i Chacón marquesat de la Sénia [Ferran Cotoner i Chacón], primer marquès de la Sénia. El succeí en el títol Nicolau Cotoner i Allendesalazar (mort el 1897), cap del partit conservador de Mallorca, el germà del qual, el polític conservador Josep Cotoner i Allendesalazar es casà amb Carmen Álvarez de las Asturias-Bohorques, que li aportà els marquesats de Mondéjar, amb grandesa d’Espanya, i de Bèlgida i els comtats de Tendilla, Villardompardo, Coruña, Sallent, etc, que continuen en el llintage.