Els seus estudis sobre microorganismes bastiren els fonaments per a la creació d’una bacteriologia i d’una protozoologia sistemàtiques. La seva obra més important, Die Infusionsthierchen als vollkommene Organismen (1838), és un intent, parcialment reeixit, d’establir una classificació sistemàtica dels microorganismes similar a l’efectuada per Linné per a les plantes i els animals superiors.