Hagué d’enfrontar-se amb les tesis conciliaristes dels pares del concili de Basilea, el qual fou traslladat pel papa a Ferrara (1437) i més tard a Florència (1439), ciutats on s’havia refugiat amb motiu de la preponderància de la família Colonna, a partir del 1434. En el concili de Florència, Eugeni aconseguí una unió temporal amb l’Església grega i amb d’altres Esglésies orientals. Mentrestant, els pares que havien romàs a Basilea condemnaren Eugeni i elegiren Fèlix V. S'oposà a les pretensions d’Alfons el Magnànim (1439) a la sobirania de Nàpols, que reclamava ell mateix, seguint la política tradicional angevina (güelfa) del papat. Alfons, amb el duc de Milà, prengué l’ofensiva contra Eugeni i afavorí els conciliaristes oposats al papa. Aquest es reconcilià finalment amb Alfons, que s’havia fet amo de Nàpols, i l’investí del regne (1443). Pogué tornar a Roma, aquell mateix any, i en foragità l’antipapa. Home culte i auster, afavorí el Renaixement italià.