Fundat el 25 de juny a Dar es Salaam (Tanzània), dirigí les activitats nacionalistes i el 1964 proclamà la insurrecció armada; el seu poder augmentà (el 1967 controlava la cinquena part del país), malgrat la dura repressió de Portugal, amb l’ajut de Rhodèsia i la República de Sud-àfrica. A la mort del seu dirigent Eduardo Mondlane (1969) es produïren dissensions internes que menaren a escissions, però la lluita de guerrilles continuà. Des del cop d’estat portuguès d’abril del 1974 el FRELIMO entrà en una fase de negociacions amb el govern portuguès, i pel setembre del 1974 formà part d’un govern provisional mixt de transició per tal d’obtenir la plena independència. Instaurada aquesta, en virtut de la constitució del 1975 fou l’únic partit permès a Moçambic i el seu líder, Samora Machel, es convertí en cap de l’estat i del govern. Mort Machel, el 1986, Joaquim Chissano el succedí al capdavant del partit i del país. La constitució aprovada el 1990 permeté el multipartidisme, i en les eleccions legislatives i presidencials del 1994, el FRELIMO s’imposà al partit RENAMO en ambdós comicis, i Chissano revalidà el càrrec de president de Moçambic. En les eleccions celebrades el 1999 i el 2004, el FRELIMO de nou guanyà a les urnes, i els líders del partit, Chissano i després de la seva retirada, el 2004, Armando Guebuza, aconseguiren la presidència del país.